Наиболее серьёзным недостатком курса является отсутствие обратной связи: некому отвечать на возможные вопросы учащихся (например, по условию задачи). Электронная почта не разрешает проблемы хотя бы потому, что временной разрыв между вопросом и ответом достигает нескольких дней, и диалог может затянуться надолго. Поэтому, электронный учебник (особенно, в младших классах) не может считаться полноценной заменой обычных уроков, а лишь дополняет их.
Недостатком курса "Математика. 4 класс", выявленным в ходе его использования, оказалось отсутствие ссылок на теоретический материал из задач: столкнувшись с непонятной задачей, ученик не может по ссылке перейти к соответствующему теоретическому разделу.
Если первый недостаток характерен практически для всех электронных учебников, а второй в настоящее время подлежит решению на уровне проекта DL, то перечисленные ниже недочёты относятся непосредственно к курсу "Математи-ка. 4 класс".
Изложение теоретического материала далеко от совершенства, например, в силу отсутствия структурированного справочника.
Отдельные ошибки в изложении теоретического материала, допущенные авторами исходного учебника [1], попали и в электронную версию. Например, в главе 23 "Деление натуральных чисел" утверждается свойство дистрибутивности деления относительно сложения и вычитания, которое, очевидно, не выполняется на множестве натуральных чисел.
Автор курса далеко не всегда доводил программный код до безупречного состояния. Вызвано это, во-первых, тем, что он осваивал Flash параллельно с работой по созданию упражнений, и не переделывал более старые программы, а во-вторых, невнимательностью при тестировании упражнений. Поэтому, в ряде Flash-упражнений код довольно громоздок и содержит много излишеств.
Ряд задач (реализованных на Flash) не работает без встроенного модуля Flash Player версии 5 и выше, который установлен не в каждой школе. Кроме того, некоторые задачи на измерение или построение сложно решить при работе за компьютером с 14" CRT-монитором (в отдельных задачах пришлось запрограммировать учёт погрешности, что сказалось на быстродействии).
Ряд задач остался неустановленным.
В ходе работы по созданию курса, а также, при анализе аналогичной программной продукции, выявились следующие направления дальнейшей работы: